Converter o tipo de partição GPT para NTFS usando o próprio CD de instalação do Windows. 
Quando aparece a seguinte mensagem:
 
O Windows não pode ser instalado neste disco. O disco selecionado está no estilo da partição GPT
 
 
 
---------------------------------------------SOLUÇÃO DO PROBLEMA:---------------------------------------------
 
Na instalação do Windows 7, com o CD ou Pen Drive do Windows siga estes passos:

1 - Depois de ter escolhido o idioma, pressione SHIFT + F10 para abrir o console;

2 - Digite os seguintes comandos:
diskpart --> Este comando vai entrar no utilitário para gerenciar as partições;
select disk 0 --> Vai selecionar o disco 0 para fazer operações nele. 
Se o disco novo não for o 0, então você deve alterar o número do comando para, por exemplo, "select disk 1";
clean --> Elimina as informações de configuração existentes no disco;
create partition primary --> Cria uma partição primária no disco selecionado;
exit --> Sai do utilitário diskpart;
exit --> Sai do console e volta ao programa de instalação;

3 - Agora, na tela de seleção de partição, selecione aquela que acabou de criar. Se o erro continuar, reinicie o computador e verifique se o erro desapareceu (de vez em quando é necessário dar um reboot para que as alterações fiquem visíveis no setup do Windows);

4 - Antes de instalar o Windows, formate o disco.

OBS.: FAÇA O BACKUP DOS ARQUIVOS POIS, MESMO QUE O HD ESTEJA DIVIDIDO EM DOIS O MESMO APAGARÁ TUDO E EXCLUIRÁ AS 2 PARTIÇÕES E PASSARÁ  A SER UMA SÓ….